Contrat : CDD de 18 mois – Localisation : Université de Reims Champagne-Ardenne (51) – Statut : Cadre

Contexte :

Ce poste s’inscrit dans le cadre du projet de recherche européen ORION « Modélisation des dynamiques de pressions microbiologiques et écotoxicologiques des masses d’eau transfrontalières à l’aide d’une surveillance active d’espèces sentinelles et des modèles mathématiques » (octobre 2024-octobre 2028).

Missions :

La personne recrutée sera responsable du volet parasites au sein de l’action dédiée à la caractérisation microbiologique des masses d’eau à partir des sites ateliers sélectionnés. L’ingénieur.e aura entre autres tâches : i) participation à la collecte des échantillons sur les sites sélectionnés (France/Belgique) à partir de juin 2026 ; ii) analyse des échantillons d’eau/traitement/interprétation des résultats ; iii) évaluation/optimisation de méthodes pour la détection des parasites dans la moule continentale (espèce sentinelle).

L’ingénieur.e interagira étroitement avec les équipes d’ACTALIA à Saint-Lô et les différents partenaires du projet. Il.elle interviendra également dans la préparation, la présentation et la valorisation des résultats.

POSTE A POURVOIR A PARTIR DU 02 mars 2026

Détail de l’offre

Contact : Stéphanie La Carbona

Annonce publiée le 06/01/2026

Contrat : CDD de 12 mois – Localisation : Maisons-Alfort (94) – Statut : Cadre

Dans le cadre de l’UMT ACTIA FASTYPERS, fédérant 2 partenaires académiques (Anses (Laboratoire de Sécurité des Aliments de l’Anses de Maisons-Alfort et Unité AB2R de l’Anses de Fougères) ; Institut Micalis (UMR INRAE, Agro-ParisTech, Paris-Saclay (Equipe Biofilms et Communautés Spatialement Organisées)) et 2 instituts techniques agro-industriels (Actalia (animateur de l’UMT) ; Ifip), le projet Diff’diarizonae vise à identifier des marqueurs PCR permettant de différencier, parmi Salmonella enterica, les sous-espèces diarizonae et enterica.

Un(e) ingénieur(e) en microbiologie avec une formation en génomique bactérienne est recruté(e) par ACTALIA (Département Microbiologie Laitière –Pôle Expertise Analytique) pour une durée de 12 mois afin de participer aux analyses microbiologiques et bio-informatiques du projet Diff’diarizonae.

Détaché(e) à l’Anses de Maisons-Alfort, au sein de l’Unité SEL (Salmonella et Listeria) et sous la supervision du chargé de recherche spécialisé sur les salmonelles et en recherche génomique, vous aurez pour missions principales de :

• Réaliser une veille bibliographique sur les marqueurs PCR précédemment publiés (commercialisés ou développés en interne par des laboratoires de recherche) ciblant Salmonella diarizonae,
• Réaliser l’extraction des ADN d’un grand nombre de souches de Salmonella de différentes sous-espèces à destination de séquençage (entre 200 et 250 souches),
• Traiter les données de séquençage de souches de Salmonella de différentes sous-espèces,
• Identifier les marqueurs spécifiques et sensibles associés à la sous–espèce S. diarizonae,
• Réaliser des tests PCR avec les marqueurs identifiés au sein de l’Unité SEL (LightCycler, Roche) et à la plateforme Anses IdentyPath (BioMArk, Fluidigm),
• Participer à la synthèse des résultats

Compétences et Qualités requises :

• Savoir travailler avec un grand nombre de souches et de données
• Culture et extraction d’ADN bactérien
• Analyses de séquences génomiques
• Tests PCR en temps réel et sur plateforme haut-débit
• Autonomie et rigueur
• Pragmatisme et minutie
• Capacités de synthèse

Salaire : 27 k€ brut annuel

Pour candidater : envoyer CV + Lettre de motivation (obligatoire)

Contact : Valérie Michel

Annonce publiée le 03/12/2025