13-05-2026
Évaluation de l’intégrité des ARN du SARS-CoV-2 et des bactériophages F-spécifiques dans les eaux usées brutes (ANRS0160)
Un nouvel article scientifique vient de paraître dans Water Research sur l’intégrité des ARN viraux dans les eaux usées, un paramètre essentiel pour la fiabilité des études relatives à l’épidémiologie des eaux usées.
Contexte et objectif
La surveillance épidémiologique des virus dans les eaux usées est devenue un outil clé pour suivre la circulation du SARS-CoV-2. Cependant, la dégradation des génomes viraux dans ces matrices complexes compromet la qualité des données. Cette étude, menée par le LCPME et en collaboration avec ACTALIA dans le cadre de l’UMT VIROcontrol, le CEA, Sorbonne Université et le consortium OBEPINE, visait à évaluer l’intégrité des ARN du SARS-CoV-2 et des bactériophages F-spécifiques (FRNAPH) dans des échantillons réels de stations d’épuration.
Approche méthodologique
Les partenaires ont développé une méthode innovante : Long-Range Reverse Transcription Digital PCR (LR-RT-dPCR).
- Cette technique permet d’analyser la continuité des génomes viraux en ciblant plusieurs régions réparties sur toute la séquence.
- Elle a été appliquée à des échantillons sur le phage MS2 (FRNAPH-I) et le SARS-CoV-2, en conditions contrôlées et en eaux usées brutes.
Résultats clés
- Intégrité élevée en conditions contrôlées : >55 % pour des fragments complets (~3 500 nt).
- Dégradation marquée en eaux usées : détection <5 % pour les fragments longs, mais jusqu’à 55 % pour des fragments courts (<600 nt).
- Certaines régions du génome du SARS-CoV-2 se révèlent particulièrement stables, ce qui en fait des cibles privilégiées pour la surveillance épidémiologique
Intérêt pour la surveillance épidémiologique
Ces résultats confirment que l’évaluation de l’intégrité des ARN est indispensable pour :
- Améliorer la fiabilité des données issues des eaux usées.
- Optimiser les stratégies de séquençage, notamment pour les technologies long-read.
- Mieux estimer le risque infectieux, en complément des approches classiques.
Pour en savoir plus
Consultez l’article complet sur ScienceDirect :
https://doi.org/10.1016/j.watres.2025.125002
Retrouvez toutes les informations sur les activités virologiques d’ACTALIA et de l’UMT ACTIA VIROcontrol
https://actalia-virologie.com