01-02-2018
EMISSAGE : Epidémiologie des Salmonella en filières animales par approche génomique
La sécurité sanitaire dans les filières animales est et reste un enjeu majeur pour leur compétitivité et leur pérennité. Avec l’évolution des techniques analytiques, la surveillance des dangers microbiologiques dans les chaînes alimentaires entre dans la nouvelle ère de la révolution génomique à haut-débit.
Pour faire face à ce défi et déployer à terme un savoir-faire génomique sur le terrain, ACTALIA et l’Ifip sont partenaires, au côté du laboratoire de l’Anses du Maison Alfort, du projet EMISSAGE. Ce projet qui a débuté en janvier 2018 pour 42 mois, est l’un des projets lauréats de l’Appel d’Offre Casdar Recherche Technologique 2017 soutenu financièrement par le ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation.
Ce projet a pour objectif, en se basant sur deux cas concrets de terrain, la filière porcine Grand Ouest et la filière laitière normande, de démontrer l’apport scientifique de l’analyse génomique des isolats de divers sérovars de Salmonella. La discrimination précise des isolats sera utilisée à des fins de surveillance, d’étude de la dissémination et des voies de contamination, et permettra d’éclairer et d’objectiver les mesures sanitaires.
Pour aller plus loin
Le projet EMISSAGE s’appuie sur l’UMT ASIICS dont les travaux portent sur deux pathogènes d’intérêt majeur en filière laitière et porcine que sont Listeria monocytogenes et Salmonella enterica. L’UMT ASIICS a pour but le transfert d’outils d’analyse des données, de connaissances et de compétences vers les instituts techniques, afin qu’ils gagnent en savoir-faire génomique pour le déploiement des méthodes basées sur le séquençage génomique global (WGS).
Au sein du projet EMISSAGE, un focus sera porté sur l’espèce Salmonella enterica et trois de ses sérovars : S. Typhimurium, son variant monophasique et S. Mbandaka, représentant des situations épidémiologiques différentes.
A partir de campagnes de prélèvements de souches de salmonelles dans les filières (abattoirs porcins, exploitations et sites de transformation laitiers) et du recueil de leurs données épidémiologiques et après séquençage WGS de ces souches, le projet EMISSAGE va principalement s’attacher à :
- Développer un outil informatique de traitement de données génomique brutes,
- Créer une de bases de données génétiques qui puisse être partagée entre les partenaires du projet,
- Développer des marqueurs épidémiologiques et génétiques pour optimiser la surveillance de ces sérovars dans les contextes terrain étudiés.
Et ainsi faciliter pour les opérateurs des filières la surveillance sanitaire des Salmonella par l’utilisation de ces outils.
Contact : Valérie Michel